Was dit altijd al zo?
Om hier maar meteen antwoord op te geven: dat weten we niet. De huidige klavieren zijn niet origineel en het is niet bekend of Matthijs van Deventer het orgel bouwde met enkel donkere toetsen. De klavieren uit 1756 zijn ruim 100 jaar geleden vervangen.

Klavieren geplaatst door De Koff
In 1911 verving orgelbouwer De Koff de originele klavieren door nieuwe. Dit gebeurde bij een vrij rigoureuze restauratie waarbij registers werden verplaatst of vervangen. De Koff voegde ook een Subbas 16' toe en maakte het pedaal hierdoor zelfstandig. Er kwamen twee pedaalkoppels (met voetbediening) en ook het pedaalklavier werd vervangen. 

​Er zijn nog meer foto's van het orgel met deze zwart-witte klavieren. We laten er een paar zien.

​De huidige klavieren
Bij de laatste restauratie van het orgel, uitgevoerd door Van Vulpen in de periode 1975-1976 en 1985-1988, kreeg het de huidige klavieren (1987). De toetsen zijn vervaardigd van eikenhout, waarbij de ondertoetsen (normaal de witte) zijn belegd met letterhout en de boventoetsen (normaal de zwarte) met ebbenhout.

Rood-bruin
Het letterhout en ebbenhout zorgt voor de typische donkere kleur. Maar er is wel duidelijk verschil waarneembaar: het letterhout is rood-bruin van kleur en het ebbenhout zwart.

​'Alleen maar' donkere toetsen?
We moeten wel toegeven dat de rood-bruine ondertoetsen in het midden van het klavier in de loop der jaren donkerder zijn geworden door het bespelen van het orgel. En het licht bij het orgel is ook niet optimaal. Dat veel organisten ervaren dat het orgel 'alleen maar' donkere toetsen heeft is best wel terecht!

Ooit weer witte toetsen?
De makkelijkste oplossing is wellicht het aanbrengen van beter licht bij de klavieren. En wie weet worden de toetsen bij een restauratie ooit wel weer belegd met wit materiaal...  

En anders stoffen we gewoon de klavieren van De Koff uit 1911 weer even af! Die liggen nog altijd op de orgelzolder ;-)

Kwestie van smaak
Alle speculaties ten spijt is het waarschijnlijk gewoon een kwestie van smaak geweest. In de 19e eeuw vond men het simpelweg mooi om meubilair in kerken wit te schilderen en daar ontkwam het Nijkerkse orgel ook niet aan. 

En hoe zag dit eruit?
In de rekening van de schilderwerkzaamheden uit 1863 wordt gesproken over ''wit en goud schilderen''. Op basis van een oude zwartwit-foto hebben we een reconstructie gemaakt van hoe het orgel er ongeveer uit gezien moet hebben. ​​

Originele kleur weer terug
In 1936-1937 werd het houtwerk helemaal kaal gekrabd en geschuurd, opnieuw gelakt en in de was gezet. Dit moet een enorme klus geweest zijn! De originele donkerbruine kleur van de orgelkas en het houtsnijwerk keerde terug. En zo is het kunstwerk van Andries van Bolder nog steeds in volle glorie te bewonderen!

Niet alles is weer bruin
Toch is er nog iets te zien van de witte verflaag. Alleen niet op het eerste gezicht. Hiervoor moeten we namelijk ín het orgel zijn: aan de binnenkant van de zijpanelen is aan het houtsnijwerk nog te zien dat er witte verf op zat. De binnenkant is in 1937 niet voorzien van een nieuwe laklaag.